Sekce pátrání a dohledu Generálního ředitelství cel se zaměřuje na odhalování a prověřování trestné činnosti související s porušováním celních a daňových předpisů, zejména nelegální dovoz, vývoz a tranzit zboží; podvody se spotřebními daněmi a DPH; obchod s padělky a nelegálním zbožím; enviromentální kriminalita; pašování tabáku, alkoholu, pohonných hmot a drog.