Náplní práce na této pozici je především výkon auditu, a to jak auditu nastavení a fungování vnitřního kontrolního systému vlastníků komponent, tak audit konkrétních milníků a cílů, resp. projektů. Auditor se také podílí na reportingu vůči Evropské komisi, účastní se jednání se zástupci jednotlivých subjektů implementační struktury i se zástupci Evropské komise a poskytuje konzultační služby. Součástí práce může být i lektorská a prezentační činnost v oblasti spadající do působnosti AO.