Oddělení Rozpočet EU je garantem za víceletý finanční rámec EU a za rozpočet EU. Tvoří koncepci celkové přípravy ČR pro jednání o finančním rámci EU s důrazem na podmínky a kritéria pro financování kohezní politiky EU z rozpočtu EU, komplexně analyzuje návrhy a stanoviska EU a členských států, systémově koordinuje zájmy ČR a metodicky řídí zpracování národní pozice ČR, Koordinuje a metodicky řídí zpracování národních pozic k rozpočtu EU a podílí se na jeho provádění, analyzuje návrhy úprav rozpočtu EU během rozpočtového roku, zprávy EÚD o provádění rozpočtu a další legislativní i nelegislativní dokumenty s přímými dopady na rozpočet EU. Oddělení Rozpočet EU rovněž zabezpečuje koncepční řízení a metodické vedení odvodů vlastních zdrojů do rozpočtu EU a zajišťuje vlastní platební povinnost.